Что касается защиты, то на танках Т-90М, которые удалось увидеть в действии, применяется комплекс динамической защиты «Реликт», как и на Т-72Б3 и Т-80БВМ. Однако на Т-90М больше противокумулятивных экранов с решетками, которые защищают основание башни и заднюю часть машины. На танке Т-90М также сохранена система электронно-оптической активной защиты «Штора», которая использовалась в более ранних моделях Т-90. Характерные для «Шторы» «глаза», обеспечивающие создание помех, в новом варианте отсутствуют, однако танк сохранил способность фиксировать пуски ракет и автоматически включать дымовую завесу. Танки Т-72Б3 и Т-80БВМ такой возможностью не обладают.